Consolidando una serie de colaboraciones que tienen lugar desde los primeros años del proyecto del MHNRS con la documentalista Tiziana Panizza y con el antropólogo Danilo Petrovich, nace la idea de llevar adelante la habilitación de un cine en el mismo Pabellón de Grandes Cetáceos. Es así como gracias a recursos obtenidos a través del Fondo Audiovisual, se puede llevar adelante desde el 2023, la sala El Techo de la Ballena, en honor a la película del gran cineasta chileno Raúl Ruiz, que además cuenta con la instalación de alrededor de treinta butacas del emblemático Teatro Cervantes, restauradas por el conservador Rodrigo Águila.
El cine cuenta con una programación esporádica, acogiendo ciclos que son parte de festivales nacionales e internacionales no adscritos a lógicas comerciales, y por otro lado, también funciona como un espacio para la celebración de encuentros, reuniones, conversatorios, ponencias, entre otras actividades de extensión y con las que el MHNRS colabora.
