La habilitación de este espacio tiene directa relación con la recuperación de un esqueleto de ballena sei y sus posteriores procesos de trabajo para llegar a ser montado en agosto del 2019.
Esta instalación en el antiguo galpón lanero del ex frigorífico Río Seco, se inicia en el mes de mayo del 2015, cuando el equipo nuclear de ese momento (Aymara Zegers, Gabriela Garrido, Benjamín y Miguel Cáceres) más un grupo de diez voluntarios, lograron levantar los restos de laballena y trasladarlos a las dependencias del museo. Durante los años 2017 y 2018, gracias a dos instancias consecutivas de adquisición de recursos ante el Fondo del Patrimonio Cultural, tuvo lugar la limpieza, catalogación y conservación de todas las piezas del esqueleto. Finalmente, durante el 2019 seinició el proceso de montaje del esqueleto junto a los técnicos e ingenieros Sebastián Aspée, Luis Chard, Sebastián y Luís Oyarzún, el que finalizó a fines de agosto del mismo año con una gran fiesta abierta a la comunidad y con el esqueleto de ballena como protagonista.
El nombre de este espacio es un homenaje al pionero en los estudios de mamíferos marinos en Chile y socio fundador de la AIMHNRS, Anelio Aguayo Lobo.
