Constituido formalmente a partir del año 2021, el área de depósito del MHNRS se estructura a partir de dos adjudicaciones del Fondo de Mejoramiento Integral de Museos en sus respectivas ediciones 2018 y 2020. Este espacio ha contado con la colaboración de la familia Boulloza, carpinteros regionales en maderas nativas, que han confeccionado muebles, vitrinas y planeras cuyo contenido son materiales de distintas naturalezas y que representan la diversidad de colecciones que se ingresan al MHNRS con fines de investigación.
Desde colecciones de referencia para estudios morfométricos y de anatomía comparada, también insumos para colaboraciones en los campos de la arqueología y la zooarqueología, así como materiales paleontológicos, colecciones húmedas y muestras biológicas que propician la colaboración con distintas instituciones en torno a sus respectivos análisis, hasta materiales etnográficos, archivos históricos y gran parte del archivo comunitario sobre las familias obreras del ex frigorífico de Río Seco producidos por distintos proyectos colaborativos, tienen un espacio para el resguardo tanto de los acervos materiales como de las memorias locales dentro de este lugar que propicia el trabajo y la asociatividad.
